Quy định tuyển sinh vào trường THPT chuyên Lê Quý Đôn được xây dựng trên cơ sở thực hiện quy chế tổ chức và hoạt động của trường THPT chuyên ban hành kèm Thông tư số 06/2012/TT-BGDĐT ngày 15/02/2012, được bổ sung sửa đổi tại thông tư 12/2014/TT-BGDĐT ngày 18/4/2014 của Bộ GD&ĐT theo đó, phương thức tuyển sinh vào trường THPT chuyên thực hiện qua 2 vòng, vòng 1: sơ tuyển và vòng 2: thi tuyển.
Trên cơ sở thực hiện quy chế tuyển sinh của Bộ GD&ĐT, Sở GD&ĐT đã xây dựng quy định tuyển sinh vào lớp 10 trường THPT chuyên Lê Quý Đôn, vì vậy, Sở GD&ĐT không thể bỏ vòng 1 theo như đề xuất của công dân.
Hiện nay, quy định tuyển sinh vào lớp 10 trường THPT chuyên Lê Quý Đôn năm học 2018-2019 đã được UBND thành phố phê duyệt và Sở GD&ĐT đã ban hành.